Þann 31. maí árið 1992 var vígt nýtt 23ja radda pípuorgel í kirkjunni. Marcussen og Søn Orgelbyggeri í Danmörku smíðuðu orgelið. Það hefur tvö nótnaborð og fótspil. Orgelhúsið er úr furu. Það er á sönglofti og fellur vel að byggingarstíl kirkjunnar. Orgelið þykir afar hljómgott enda er Fella- og Hólakirkja rómuð fyrir framúrskarandi hljómburð og vinsæl til tónleikahalds og fyrir upptökur á tónlist. Þá á kirkjan Steinway & Sons sérvalinn flygil sem keyptur var árið 1994 og var þá næst stærsti Steinway flygill landsins.