Sjálfstæði þjóðkirkjunnar hefur farið vaxandi síðasta hálfan annan áratug, sem sést á ýmsan hátt í starfi kirkjunnar og stjórnun hennar. Það er einna skýrast í stöðu kirkjuþings gagnvart stofnunum ríkisins. Stærsta skref í átt til aukins sjálfstæðis var án efa rammalöggjöf Alþingis um stöðu og starfshætti hennar árið 1998. Með þeim lögum minnkuðu afskipti Alþingis til muna og hefur það reynst farsælt fyrir ríki, kirkju og þjóð.
Haldið hefur verið áfram á þessari braut og hafa seinni breytingar leitt til enn aukins sjálfstæðis þjóðkirkjunnar. Einnig hafa verið lögfestir samningar milli ríkis og kirkju sem byggja á eignum og réttindum. Kirkjan er sjálfstæð gagnvart ríkisvaldinu, en í miklum tengslum við þjóðina.
Kirkjuþing hefur æðsta vald í málefnum kirkjunnar. Það er að meirihluta skipað leikmönnum úr kirkjulegu starfi. Vægi þess hefur aukist mikið síðustu ár. Þingið hefst 13. nóvember og þar koma saman 29 kjörnir fulltrúar úr níu kjördæmum til að taka mikilvægar ákvarðanir um starf og starfshætti, fjármál og eignamál og um stefnumörkun fyrir kirkjuna og þjónustu hennar. Þingið á sér fyrirmynd í löggjafarsamkomu landsins og hefur vald til að setja allri starfsemi kirkjunnar starfsreglur. Það hefur endanlegt áhrifavald með samþykktum sínum. Þegar þingið ræður málum til lykta, sem ekki eru ákvörðuð með starfsreglum, er það oftast með þingsályktunum eða öðrum samþykktum. Yfirleitt felur kirkjuþing kirkjuráði að framkvæma það sem felst í þingsályktunum en einnig getur þingið ákveðið að skipa nefnd eða starfshóp til að annast ákveðin mál. Dæmi um þetta má sjá í skipan þjóðmálanefndar kirkjunnar, sem heyrir beint undir kirkjuþing og er ráðgefandi nefnd. Annað dæmi er væntanleg rannsóknarnefnd um viðbrögð kirkjunnar við ásökunum á hendur fyrrverandi biskupi Íslands. Slíkar nefndir eru eins óháðar kirkjustjórninni og hugsast getur og felst í þessari skipan að þær skila niðurstöðu sinni eða áliti til kirkjuþings en ekki til stjórnar þjóðkirkjunnar, þ.e. kirkjuráðs, eða biskups Íslands. Þessi dæmi sýna að kirkjan leitast við að festa sjálfstæði sitt í sessi með því að ráða málum til lykta með lýðræðislegum og skipulögðum starfsháttum sínum í samræmi við lög og reglu í landinu.
Starfsreglum kirkjuþings er best lýst með því að þær hafa gildi fyrir alla sem starfa innan kirkjunnar. Stofnunum kirkjunnar, embættum og starfsfólki er því skylt að fara eftir þeim.
Vegna þess að ákvörðunarvald kirkjuþings er afgerandi er nauðsynlegt að kirkjuþingsmál hljóti ákveðna þinglega meðferð og ítarlega umræðu. Málum er ráðið þannig til lykta að þau fara oftast í gegnum fyrri umræðu og þarf þingið að samþykkja hvort þau fari til nefndar og síðari umræðu. Þingið starfar því annars vegar á þingfundum og hins vegar í þremur nefndum, allsherjarnefnd, löggjafarnefnd og fjárhagsnefnd. Viðkomandi nefnd leggur málið síðan fram með breytingum til seinni umræðu og þar með hlýtur það afgreiðslu ef það er ekki fellt eða dregið til baka.
Nokkur mikilvæg mál liggja fyrir kirkjuþingi 2010, sem hefst á laugardag.
Fyrsta málið er lagt fram af forsætisnefnd, sem eingöngu er skipuð leikmönnum. Það varðar rannsóknarnefndina, sem áður er getið, og er það án efa bæði tímamótaverk og mikið réttlætismál. Meðal annarra mikilvægra mála er frumvarp að nýjum þjóðkirkjulögum sem gengur enn lengra í átt til sjálfstæðis kirkjunnar. Einnig mál er varðar heildarstefnu í grunnþjónustu kirkjunnar um allt land og aukið samstarf. Fjöldi mála snýst um breytingar á fyrri starfsreglum og stefnumörkun kirkjunnar, s.s. í jafnréttismálum og meðferð kynferðisbrota, innri samþykktum kirkjunnar, skipulagi prófastsdæma og samstarfssvæða.
Að þessu sinni eru óvenju mörg mál á málaskrá en auk þess má búast við krefjandi vinnu í þeim málum sem lúta að niðurskurði í samræmi við kröfur ríkisvaldsins og erfiðar aðstæður í peningamálum þjóðarinnar.
